- Ve všech případech však nad OSS zůstávají jisté otazníky, zejména ve vztahu k možným bezpečnostním rizikům.

- Tato řešení se ovšem vyplatí pouze u vysoce specializovaného softwaru, v jiných připadech rozhodně vyjde levněji zakoupit proprietární řešení a přikupovat nové verze.

- V případě fyzických osob, které obzvláště v České republice a přilehlých asijských zemích poněkud nechápou hodnotu duševního vlastnictví a kradou software, hudbu a filmy ostošest, je nasazení OSS přínosem.

- Skutečný problém se pak může vynořit při nasazení OSS do citlivých oblastí státní správy.

- Právě úsek mezi zveřejněním problému a nalezením řešení je nejkritičtější. Closed Source programy mají obrovskou výhodu, například Microsoft může zranitelná místa opravit v klidu a s pečlivou rozvahou, neboť nejsou veřejná.

- Zastánci OSS tvrdí, že právě veřejný přistup ke zdrojovým kódům zaručuje bezpečnost díky obrovské mase lidí, kteří program mohou studovat a chyby hledat. To je sice pravda, ale právě v případě státních institucí nebo samosprávy poněkud pokulhává. Stát je specifický zákazník a jeho požadavky na konkrétní úpravy budou zřejmě velmi originální. Procesem tvorby softwaru vznikne hybrid, jehož drtivá většina bude veřejně přístupná a pouze malé fragmenty požadovaných úprav zůstanou utajeny. Každá nalezená chyba pak znamená vyšší riziko než v případě uzavřených programů. U nich se totiž může projevit vzhledem k uniformitě pouze definovaným způsobem. OSS naopak díky neveřejným úpravám může svou zranitelnost v nezveřejněných částech kódu řetězit.

- Jiným, ještě rizikovějším faktorem je účelové hledání nedostatků v zabezpečení. Kde je psáno, že objevitel zranitelnosti musí nalezený problém zveřejnit? A že jej nepoužije k útoku? Odhalení úniku informací například v podobě osobních dat občanů či utajovaných skutečností pak zanedlouho bude v podstatě nemožné. Informace získané přes neznámou zranitelnost softwaru jsou prakticky zcela anonymní.