Predstava, ze PHP a javascript jsou ruzne jazyky je spravna, navic je treba si uvedomit, ze programv javascriptu bezi na uplne jinem pocitaci nez ten v PHP. Javascript nejakym zpusobem ovlivnuje chovani browseru a efektem pozadavku ktery browser provede muze byt, ze se spusti neco v PHP. Druha moznost je ze, javascriptovy kod jako takovy muze primo odeslat nejaky pozadavek na server, ale to je ve vaesem pripade asi vcelku zbytecne komplikovane (pokud vas to zajima, tak do sveho oblibeneho vyhledavace napiste "XmlHttpRequest").

K vasemu problemu: V javascriptu je funkce confirm(string), ktera zobrazi prave to okno Ano/Ne a vraci logickou hodnotu podle toho jestli uzivatel odpovi ano nebo ne. Druhy zajimavy poznatek je, ze kod obsluhujici libovolnou JS udalost vraci take logickou hodnotu, ktera browseru rika, jestli ma dale pokracovat ve zpracovani one udalosti. Resenim vaseho problemu by tedy mohlo byt dat do atributu onsubmit odpovidajiciho formulare kod typu "return confirm("opravdu smazat?")" (mozna !confirm(), nechce se mi hledat ktera varianta je spravne, proste to zkuste). Pokud na to mazani pouzivate jenom odkaz, tak odpovidajici udalost je onclick, nicmene existuje mnoho dobrych duvodu, proc by jakoekoli zmeny na serveru meli vyvolavat pouze formulare s method="POST" (a tedy minimalne ne obycejne odkazy).