Vlastnik souboru www-data je zpusoben vytvorenim pres <a href="http://php.net/manual/en/function.exec.php">funkci exec</a> nebo neco podobneho. Lze to ovlivnit zvolanim exec z PHP kodu s danym prikazem na zmenu prav(chmod) nebo odstraneni(rm).

Jenom MySQL/ sqlite? To bych pro podnikove nasazeni zvazil. Tyhle db jsou dost pomale kdyz je v nich vice dat. Apache Derby porazi na 10GB databazi MySQL a apache derby neni vubec psane tak aby bylo rychle.